Así, el Museo dispone para su gobierno y funcionamiento de un director, de un comité asesor y del personal técnico adscrito al Secretariado de Cultura del Vicerrectorado de Cultura y Política social. El director del Museo desde el 1 de Diciembre del 2014 es el Dr. José Ignacio Canudo, profesor de Paleontología, ha sido elegido entre los profesores con vinculación permanente a la Universidad de Zaragoza de áreas afines a las del ámbito de actuación del Museo, tal y como exige el reglamento del Museo. Tanto él como los miembros de su Comité Asesor son designados y cesados por resolución del Rector, a propuesta del Vicerrector competente en la materia
El comité asesor está formado por:
- El vicerrector con competencia en materia de patrimonio cultural o persona en quien delegue, que lo preside.
- El director del Museo.
- El director de secretariado integrado en el vicerrectorado con competencia en esta materia.
- Un profesor universitario de reconocido prestigio en el ámbito de actuación del Museo. El rector de la universidad de Zaragoza ha nombrado al Catedrático de Paleontología Eladio Liñán.
- Un representante designado por la Compañía de Jesús, como propietaria de la colección Longinos Navás.
- El Director General del Gobierno de Aragón con competencias en materia de Patrimonio Cultural, o persona en quien delegue.
- Un técnico del vicerrectorado competente en esta materia, que actuará como secretario, con voz pero sin voto.
El personal técnico del Museo, con distinto grado de dedicación, está compuesto en la actualidad por el siguiente personal del Secretariado de Cultura, dependiente del Vicerrectorado de Cultura y Política social de la Universidad de Zaragoza. La gestión técnica de las colecciones centrará sus esfuerzos en garantizar la conservación de los fondos, tanto los que formen parte de la exposición permanente, que dispondrán de todos los requerimientos técnicos necesarios (parámetros ambientales, iluminación, seguridad…) que figuran en el facility report de las salas, como de los que permanezcan en reserva.
- Técnico en patrimonio cultural, que asume la gestión técnica de las colecciones.
- Responsable de la gestión económica.
- Técnico del edificio Paraninfo, que se responsabiliza de las cuestiones logísticas y de infraestructura.
- Técnico en actividades culturales, que centra su tarea en la difusión y la didáctica.
- Personal de apoyo (1 becario), que se ocupará de las actividades didácticas, así como de apoyar la gestión técnica y científica y la difusión.