A lo largo del siglo XVIII comienza el interés por parte de las Universidades de recopilar y crear colecciones que conserven el entorno natural cercano. De este modo, a mediados del siglo XIX se comienza a crear la colección de la Facultad de Ciencias de la Universidad de Zaragoza. Esta colección se inicia gracias al trabajo de recolección de plantas, insectos, animales, fósiles minerales y rocas por parte del catedrático de Historia Natural Florencio Ballarín y de los ingenieros de minas Pedro Palacios y Florentino Azpeitia. En el año 1893, la Universidad de Zaragoza recibió de la Comisión del Mapa Geológico de España (actual Instituto Geológico y Minero de España, IGME) un depósito de 300 minerales, 300 rocas y 300 fósiles, que se conserva prácticamente completa repartida entre el Museo de Ciencias Naturales de la Universidad y la Facultad de Ciencias.
Esta colección fue aumentando debido a la actividad investigadora y docente que había en esos momentos en la Facultad de Ciencias. Al comenzarse a impartir los estudios de geología en 1974, los ejemplares relacionados con esta materia se dividieron en los distintos departamentos.
A comienzos del siglo XX se creó el Museo de Zoología instaurado en uno de los torreones del actual edifico Paraninfo. En el año 1939 esta colección se trasladó a la Facultad de Ciencias donde se expuso durante varios años en el Museo de la Facultad de Ciencias hasta que en el siglo XX fue desmontada durante la remodelación del edificio y actualmente está almacenada en la Facultad de Ciencias. Destaca dentro de esta colección las 110 carpetas de herbarios recogidos entre 1852-1886 que proceden fundamentalmente de los alrededores de Zaragoza y de localidades concretas de Aragón. Por último, esta colección consta de más de 180 ejemplares de animales naturalizados procedentes en su mayoría de España, de esqueletos y huesos aislados de animales vertebrados y de más de 600 ejemplares de invertebrados.